Начнем с того что историю Обито показали незадолго до появления Тоби (уже не как шута) или почти в одно время. Не помню серию, но думаю не зря решили рассказать про глаз Какаши и Обито.

Так же, Обито отдал Какаши как раз таки левый глаз, а следовательно остался лишь с правым. Поэтому Тоби смотрит только правым шаринганом (у него был и левый, который он использовал для изанаги против Конан, но позже объясню почему тот глаз не его)

Теперь вспомним способности глаза Какаши. Он оторвал руку Дейдаре, закрутив её непонятно куда. Так же он засосал и гвоздь, брошенный Пейном. Вобщем способность глаза Какаши очень похожа на засасывающую способность Тоби (прошу заметить, уникальную, ведь МШ у Итачи или Саске действую по другому). Поэтому логично предположить что оба глаза принадлежали одному человеку (Обито)

Многие предполагают что Обито раздавило камнем. Начнем с того, что похорон не было, ровно как и труп не показали. Поэтому уверенности в том, что он умер, нет 100%. Так же многие считают что ему раздавило правую половину. А вот тут скорее всего нет. Обито сказал лишь что не чувствует свою правую половину, но не то, что ему больно. Так же не было и крови, а ведь раздави ему пол тела он должен не лежать спокойно, а орать истекая кровью.
Какашин глаз может засасывать и обладает сходным типом действия с глазом Тоби. Тоби может уходить в другое измерение. Так вот скорее всего Обито успел свою правую сторону переместить в другое измерение (сам того не зная) и поэтому сказал что не чувствует ту сторону и совсем не было крови.
Но Обито отдал левый глаз Какаши и случился обвал.
Так что же произошло дальше?
Вот тут предположу, что скорее всего левую сторону (без глаза) как раз и повредило завалом. Обито таки смылся в другое измерение. Дальше вариант событий может быть такой. Обито выбирается из измерения Х, либо с помощью сознания кого-то там обитавшего (Мадара скорее всего, но нельзя пока отсечь и версии - Изуна, Шисуи), либо сам. Возможно и сознанием Обито завладел кто-то. Помните же два голоса, один молодой и глуповатый, когда Тоби ходил с Дэйдарой (это голос Обито, а Обито ровесник Какаши). Второй голос серьезнее - голос опытного шиноби, скорее всего того, кто завладел телом Обито.

Дальше Тоби находит Зетцу и тот даёт ему тело (заполняет правую половину). Об этом факте может служить то, что Тоби теряет конечности не обращая на это внимание и оказывается вдруг с новыми спустя некоторое время. Оторвал себе руку в битве против помошников Данзо, кинул её в них и было видно что она из того же белого материала что и Зетцу. Так же и в битве против Конан его сильно повредило, но ему всё равно. Поэтому Тоби не страшится разбрасываться конечностями, ведь Зетцу заполнит их заново. Видимо после завала у Обито была повреждена значительная часть тела (может быть только бюст уцелел).

Ну а теперь последние кусочки мозаики.

Начнем с того, что Обито отдал один глаз, но у Тоби было два Шарингана. Это можно объяснить вот чем. Тоби не смотрел вторым шаринганом, о чем свидетельствовала только одна прорезь в маске. Но почему же? Это было полюбому не просто так. А ответ прост. Вспомните Какаши. Он не смотрит шаринганом постоянно, так как если ты не Учиха, то шаринган расходует много энергии и вечно смотреть им нельзя. Поэтому Какаши поднимает повязку только во время боя. Так же Данзо, который забинтовал одну половину головы вместе с глазом, ведь он не Учиха (шаринган ему отдал Учиха Шисуи).
Так почему же Тоби не глядит вторым шаринганом если успешно и вечно использует первый? И если он Обито, а Обито - Учиха, то он вполне бы мог использовать оба глаза. Но ответ вот в чём. Одну половину (левую) как раз таки раздавило камнями, ведь Обито отдал глаз Какаши перед завалом. Дальше левую сторону заполняет Зетцу. Затем Тоби достаёт где-то второй шаринган (возможно когда убивал весь клан Учиха). Но Зетцу не Учиха, и половина с левым глазом использовать постоянно шаринган не может. Вот поэтому у Тоби только одна дырка в маске.

Теперь изанаги. Ну тут всё просто. Зетцу это отродье то ли сделанное из клеток первого, то ли обладающее похожей способностью, не важно. Ну а использовать изанаги может человек, обладающий и генами Учих и генами Хоширамы. Например так делал Данзо, имея всего лишь привитые гены Хоширамы в руке и чужие шаринганы. Поэтому и Тоби сумел использовать изанаги, ведь одна половина это Обито Учиха, а другая Зетцу.

Теперь в довершении всего вспомним последние главы манги, где Тоби снимает маску на мнгновение, показывая лицо Наруто и Би. Оба удивляются. Но наруто молод и не видел ни Обито, ни Мадару, на Шисуи и вобще особо не видел никого. И Наруто тоже удивился. А значит удивила его не личность человека (мол, ааа, это же ОН!!!!!!!), а удивило именно строение тела. Скоре всего они были шокированы тем, что там две разные половины.