Но чакра это ФЭ+ДЭ, а ДЭ это душа.

Но влияние души на тело в манге было. Мадара умер старым, но призвался молодым, и показали что его душа молодая. Мадара и Обито за счет "Антинин" стерли ЭТ Минато руки, и этих рук не было у его души.

Чакра получается из ментальных сил и сил тела, это я и так знаю

призыв души не объясняет накопления душой всех техник шиноби так что он при призыве в своей полной боевой форме

Это тоже как бы не объяснение, получается душа в наруто запоминает вообще любые изменения, хотя я тебя не спрашиваю я просто уже говорю сам с собой >(

выходит его душа должна была запомнить что он инвалид а его тело должно было получить на генетическом уроне свойства рикудо, а иначе хз как он возродится с риннеганом и инвалидом