Идея создания группы, которая бы сочетала в себе хип-хоп и рок-музыку принадлежала тату-мастеру Фреду Дерсту. После не слишком удачного опыта в различных группах Фред решил создать собственную. Вокалист связался с с басистом Malachi Sage Сэмом Риверсом и предложил ему стать участником своей группы. Тот согласился и в свою очередь предложил в качестве ударника кандидатуру своего кузена джазового барабанщика Джона Отто, который на тот момент играл в школе искусств Дугласа Андерсона. Затем к ним присоединился гитарист Роб Уотерс. Он лишь поучаствовал в работе над демозаписью и покинул группу. Место Уотерса занял Терри Бальзамо (гитарист группы Cold и штатный гитарист Evanescence), который впрочем, также ушёл из коллектива. На смену Бальзамо, в группу приходит гитарист Уэс Борланд. Группа окончательно сформировалась в 1996 году с приходом DJ Lethal, бывшего участника известной хип-хоп-группы House of Pain.
После удачного выступления на разогреве у Korn дела Limp Bizkit идут в гору. Ребята подписывают контракт с Flip, филиалом Interscope Records, а продюсером их первого студийного альбома выступил Росс Робинсон. Мнения критиков по поводу дебютной пластинки были весьма разносторонние, но несмотря на это Фред Дёрст был назначен старшим вице-президентом A&R на Interscope Records
После успеха сингла «Faith», группа начинают работу над вторым студийным альбомом. Продюсером пластинки стал Терри Дэйт. Вышедшая 22 июня 1999 года вторая пластинка Significant Other принесла Limp Bizkit большой коммерческий успех. Альбом достиг 1-й строчки Billboard 200 с проданным тиражом 643 874 копий за первую неделю. Второй альбом значительно превосходил по качеству звучания Three Dollar Bill, Yall$ и получил множество положительных отзывов музыкальных обозревателей. Однако тур в поддержку альбома принес парням крайне скандальную репутацию.
В начале 2000 года был анонсирован выход третьего студийного альбома. Фред Дёрст объявил, что названием пластинки будет «Chocolate Starfish and the Hot Dog Flavored Water» (что вполне можно принять за весьма забавную игру слов). Пластинка вышла 17 октября 2000 года и на голову обошла предыдущую, став одним из самых продаваемых альбомом в истории рок-музыки. Так же была признана золотой и шестикратно платиновой в США и Канаде.
В октябре 2001 Борланд покинул группу. Его уход стал серьезным ударом для группы. В конце 2001 Фред Дёрст провёл прослушивание гитаристов названное «Put Your Guitar Where Your Mouth Is». По его итогам заменой Уэсу должен был стать Майк Смит, но из-за ссоры с Дерстом позднее гитарист покинул группу.
В августе 2002 года в Лос-Анджелесе группа начала запись четвёртого студийного альбома. В ходе работы рассматривалось несколько вариантов названий новой пластинки, но выбран был «Results May Vary». Пластинка была непохожа не предыдущие работы Limp Bizkit и была воспринята критиками, в большинстве своем, негативно.
В 2004 году Уэс Борланд возвращается в группу и ребята продолжают работу над новой пластинкой. В мае 2005 группа выходит мини-альбом «The Unquestionable Truth (Part 1)». Диск имел очень необычное для коллектива экспериментальное звучание и сильно отличался от предыдущих релизов Limp Bizkit по стилю исполнения, имея депрессивный оттенок. Тексты песен были сфокусированы на различных проблемах современности (терроризм, политика, насилие и т.д.). Альбом был продан тиражом 37 000 копий за первую неделю, тем самым заняв 24 строчку чарта Billboard 200. В начале 2006 года участники Limp Bizkit объявили о перерыве, а Борланд заявил, что «возвращение группы на сцену является маловероятным».
В августе 2009 года, после тура воссоединенной группы, Фред Дёрст объявил, что группа работает над новым студийным альбомом. Вдобавок Дёрст сообщил название пластинки — «Gold Cobra». Пластинка вышла 28 июня 2011 года и была тепло встречена критиками. В российском чарте альбом занял 3 место и получил статус золотого.
В конце 2013 года Limp Bizkit провели мини-тур по городам России. В рамках тура группа выступила в Красноярске, Новосибирске, Омске, Екатеринбурге, Челябинске, Уфе, Воронеже, Санкт-Петербурге и Москве. В начале декабря были проведены концерты в Киеве и Минске. В настоящее время музыканты готовят к выходу седьмой студийный альбом «Stampede of the Disco Elephants», релиз которого намечен на начало 2014 года, а продюсером вновь выступит Росс Робинсон