Из мангашных Наруто Пейн определенно и Саске-Данзо. Но аниму не переплюнуть,там даже один из посредственных боев в манге с Какузу и Хиданом против Какаши и остальных - лучшим получился или Тот же Ли-Гаара.

Каждый умен по-своему.
У Какаши шикарный тактический и аналитический ум.
Итачи может и не так хорошо проявил себя в этом плане, но зато зато он показал некоторые навыки построения долгосрочных планов.
Шикамару - гений стратегии.
Орочимару - научный гений.
Кабуто - хороший тактик и стратег.