ББ - отец, Ева - мать, их сыновья Элай и Девид. Пускай и не самым прямым путем, но у ББ получилось оставить наследника.

В центральной Азии основалось новое государство - Занзибар. Туда уволокли ученого который вывел формулу нового топлива, которая бы помогла с кризисом конца 20-го века. В итоге Снейка посылают туда спасти этого ученого (после убийства ББ (как он думал) у Снейка кошмары или пост-травматический синдром) - он делает тот же самый прыжок что и ББ, затяжной только под покровом ночи и проникает на базу. Потом опять геймплей в стиле МГС1-3, пробирание на вражескую территорию и т.д. мудохает одного босса, который оказывается пленником которого он спас в МГ1, тот расказывает что после того как Снейк сбежал из Аутер Хевен - НАТО накрыло базу и весь персонал старыми добрыми бункеро-пробивающими бомбами. А лидер Занзибара спас всех уцелевших и позаботился о них.
По мере прохождения - он встречает девушку повстанца, она ему помогает, спасти ученого. Сценка (да даже в этих играх были постановочные сценки) где она рассказывает о своём женихе Френке, а потом они все уже собираются убегать через мост, доктор первый - перебежал, она - вторая - но мост когда она была на нём - взрывает ракетой кто-то, она погибает. В итоге опять геймплей и оказывается что на этой базе тоже есть МГ и построил его учёный этот, который разработал формулу. Снейк добирается до МГ, но внизапно за его "рулём" - Френк Йегер (Грей Фокс) которого Снейк спасал в МГ1. В итоге эпичный бой в процессе которого оказывается - что это он жених той девушки, Снейк выпиливает его и говорит что она ждет его на той стороне. Дальше он находит запытаного до смерти учёного и форулу того топлива. Дальше геймплей и финальный босс - внизапно ББ, разговор за жизнь, бой Снейк без оружия vs ББ, где Снейк сумел слить ББ с помощью зажигалки и балончика краски (или еще чего-то, не помню). В итоге ББ вроде бы погибает, Снейк избавляется от кошмаров. Кстати - командир миссии Кэмпбел - тот самый из ПО и МГС1, он встал во главу Фоксхаунд после ББ. Снейк возвращается домой и говорит что уходит из Фоксхаудна, он отправляется на Аляску, в следующий раз его увидят только через 5 лет. Конец.

в итоге ББ всё же убили реально или это был очередной клон?...хотя стоп был же спойлер как ББ умирает в конце МГС4...кого же в итоге опять убили...